据有关文献记载，位于独龙阜下的明孝陵玄宫内埋葬着朱元璋本人及马皇后和成穆贵妃孙氏。关于朱元璋的地下宫殿建筑，由于史书失载，又缺乏必要的工程档案资料，加之在民间还有朱元璋葬于南京朝天宫或北京万岁山以及下葬时13个城门出殡等历史记载和传说，所以，几百年来，一直成为人们心目中的一个谜。长久以来，民间还流传着一个说法，明孝陵的地下玄宫被盗了。一时间，各种猜测纷纭。

　　为了澄清历史真相，1998年12月开始，文物工作者采用无破坏性的精密磁测技术，并配合地面调查研究，查明了明孝陵地下玄宫的位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了过去流传的地宫被盗之说。

神宫监可能有两个

　　古代帝王生前居住的地方叫皇宫，而死后安息的地方叫陵宫，也叫神宫。神宫监，明朝管理神宫的中央专设机构，规定必须靠近神宫但又不能在神宫内。600多年的风雨飘摇，神宫监早已被尘土湮没。在洪武皇帝的玄宫昭然于世以后，探寻神宫监的具体方位成了又一重头戏。据透露，在近几年对神宫监的钻探研究中，文物工作者们发现了两处疑似神宫监的遗址。

　　1999年，研究人员在神宫前金水桥内神道东侧钻探时，发现了砖结构和石构件遗址，附近还有一口砖头砌成的水井，水井四周有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。然而，到了2000年春，研究人员又在神宫的西南角发现一片建筑遗迹，边宽一米左右的石柱础和少量的绿琉璃构件，这些绿琉璃跟孝陵里发现的一样。距这片遗迹20米左右处，他们也发现了一口明代的水井。都有生活设施水井，而且靠近神宫，两处神宫监，到底谁是谁非？由于没有文献对神宫监的具体方位和数量作过记载，所以只有经过钻探、清理发掘以后才能对此作出正确判断。

嫔妃墓可能在中山植物园

　　根据有关文献记载，当年朱元璋下葬时有四十六妃陪葬于孝陵，但嫔妃墓的具体方位一直没有确切说法。1998年，文物工作者在陵宫西侧百米处的中山植物园内发现一批大型柱础和少量刻有云纹的石刻，后又钻探此处建筑遗迹和周边相关遗迹，发现此处很有可能就是记载中提到的嫔妃墓所在。再将建筑遗迹有关的地面、地下有关遗存情况跟孝陵陵宫情况比较后，更增加了嫔妃墓在中山植物园内的可能性。